насколько я понял, у вас проблема с обработкой строк.
для сишных строк есть набор функций в <string.h>
http://www.cplusplus.com/reference/cstring/
для плюсов стоит переходить на <string>
http://www.cplusplus.com/reference/string/
все операции (сравнение строк, поиск подстроки) там реализованы.
для вашего случая нужно:
- взять очередную строку
- найти открывающую скобку
все что между началом строки и открывающей скобкой - ваша команда
- найти закрывающую скобку
все что между открывающей и закрывающей - ваши параметры
чтобы не погружаться в работу с памятью ручками - используйте wstring и соответствующие методы - find, substr
для сишных же строк аналогичные функции - strchr/strstr, strcpy