В принципе манифест не обязательно пихать в ресурсы приложения, достаточно положить рядом с *.ехе файлом (например test.exe и test.manifest).
Но начиная с Д2010 (вроде бы) есть возможность сразу компилировать файл с нужным манифестом
http://img213.imageshack.us/img213/8...eenshotawl.png