[xkor]

supernewbie, ну дык а чего ты хочешь вызывая Application.Run внутри функции выполняемой в Application.Run пакетхака)
Application.Run внутри представляет собой цикл приёма и обработки сообщений системы и выход из него произойдёт только при завершении этого приложения.
Так что либо запускай это в отдельном потоке (вместе с созданием формы), либо не майся дурью и создавай окно нормально:

function OnCallMethod(const ConnectId, ScriptId: integer;
                      const MethodName: String; // имя функции в верхнем регистре
                      var Params, // параметры функции
                      FuncResult: Variant // результат функции
         ): Boolean; stdcall; // если вернёт True то дальнейшая
                              // обработка функции прекратиться
begin
  Result := false;

  if MethodName='PLAYSOUND' then begin PlaySoundHARD(params[0]); SomeString:=125; FuncResult:=Some; Result:=true; exit; end;
  if MethodName='CREATEFORM' then begin 
    Form1:=TForm1.Create(nil);
    Form1.Show;
    Result:=true;
  end;
end;

а то непонятно зачем инициализируешь новое приложение внутри уже работающего, добавляешь туда форму главную, и запускаешь, вместо просто создания новой формы и её отображения...